1994 gegründet und 1995 der Öffentlichkeit übergeben, sind wir das einzige Museum in Deutschland, das mit einer Dauerausstellung an den Vernichtungskrieg gegen die Sowjetunion erinnert, der als Großer Vaterländischer Krieg in die sowjetische und postsowjetische Geschichtsschreibung eingegangen ist.

Die Geschichte des Museums reicht jedoch zurück bis in das Jahr 1967. Zum 50. Jahrestag der Oktoberrevolution am 7. November 1967 wurde das Museum als „Museum der bedingungslosen Kapitulation des faschistischen Deutschlands im Großen Vaterländischen Krieg 1941-1945“ (kurz "Kapitulationsmuseum") gegründet. Ziel war es am historischen Ort einen Raum des Gedenkens an die Heldentaten der Roten Armee aufzubauen. War das Museum zunächst nur für die sowjetischen Soldaten geöffnet, war es später auch für die Öffentlichkeit zugänglich.

Mit dem Abzug der sowjetischen/russischen Truppen aus Deutschland 1990-1994 war die Existenz des Museums gefährdet, doch die deutsche und sowjetische Seite einigten sich auf eine Weiternutzung. Ab 1991 erarbeitete eine deutsch-sowjetische, später deutsch-russische Expertenkommission eine Konzeption für eine neue Dauerausstellung. Am 10. Mai 1995 zum 50. Jahrestag des Kriegsendes in Europa wurde das neue Museum schließlich eröffnet. 1997 wurden dem zunächst ausschließlich deutsch-russischen Verein mit dem damaligen „Museum des Großen Vaterländischen Krieges“ (heute: Museum der Ukraine im Zweiten Weltkrieg) in Kiew eine weitere Nation hinzugefügt, bevor die heutige Trägerschaft aus vier Nationen ein Jahr später mit der Aufnahme des „Museums des Großen Vaterländischen Krieges“ in Minsk besiegelt wurde. Nach einer kompletten Überarbeitung der Dauerausstellung eröffneten wir im Jahr 2013 unsere neue Dauerausstellung "Deutschland und die Sowjetunion im Zweiten Weltkrieg", die sich seither eines regen Zuspruches erfreut.

Das Museum Berlin-Karlshorst wird zu 100% von der Bundesbeauftragten für Kultur und Medien gefördert.